Fue detenido el 5 de febrero de 2026 durante la Operación Enjambre, un operativo federal contra servidores públicos presuntamente vinculados a delitos como extorsión y nexos con el crimen organizado. Su detención ocurrió en el contexto de la captura del entonces alcalde Diego Rivera Navarro y otros funcionarios del ayuntamiento, Isaac Carbajal fue arrestado de manera flagrante o incidental durante el operativo.